Tras el fracaso de Shang Tsung en el 1er Mortal Kombat, el hechicero decide cambiar las reglas con tal de salvar su propia vida y no ser ejecutado por Shao Kahn, quien sintió que desperdició 500 años de espera por nada (y no se equivocaba, en realidad). El esperar otros 500 años más para ganar los 10 torneos ya no era una opción válida. El maléfico plan era organizar uno nuevo (un torneo falso, por cierto) pero ésta vez en OutWorld. Una especie de emboscada estaba siendo planificada: El objetivo era atraer a los kombatientes (participantes mortales y al mismísimo Raiden) para una masacre local que acabaría con la Tierra desprotegida de algún modo y así ser absorbida por las reglas del InfraMundo... Ya con la muerte de Goro y la derrota de Shang Tsung en el torneo anterior, era hora de tener otros rivales al final de la lista de contrincantes, siendo así Kintaro y el mismo emperador Shao Kahn quienes se encargarían de no dejar ni un sólo mortal con oportunidades de sobrevivir, especialmente Raiden (que por ciertos motivos no había afinidad con el emperador). A partir del ataque ya pensado en tierras oscuras, quedaba sólo saber cómo atraer a los terrícolas a ellas:
El primer paso era un gran ataque-tarkatan, raza guerrera originaria de OutWorld - NetherRealm. El ataque de Baraka y sus reclusos en pleno EarthRealm sería la carnada perfecta para que los kombatientes (sobrevivientes del torneo anterior) deseen el devolverles ésta sorpresiva y sanguinaria invasión de la Tierra, específicamente ocurrida en el pueblo natal de Liu Kang... Es ahí cuando el campeón junto a su aliado Kung Lao deciden tomar cartas en el asunto, armando un contraataque para proteger su tierra y vengarse de sus pérdidas.
A la par, un integrante de las fuerzas especiales decide buscar a su desaparecida compañera Sonya Blade (participante del campeonato anterior). El teniente investiga dónde podría estar la agente y dá con la casualidad de que se encuentra secuestrada en OutWorld. Con ésta otra carnada, un nuevo kombatiente sería partícipe: Jackson "Jax" Briggs, quien estaría dispuesto a ir a éste torneo-falso con tal de salvar la vida de su colega.
La difusión de éste nuevo Mortal Kombat hacen llegar las novedades al Lin Kuei, el clan donde pertenecía Sub-Zero. A raíz de su asesinato en manos de Scorpion, el hermano menor del mencionado difunto Bi Han: Kuai Liang se presenta bajo el mismo nombre para homenajearlo y liquidar a Shang Tsung en su honor... Scorpion no se queda atrás, creyendo que es el mismo Sub-Zero que asesinó, decide correr tras él para "matarlo" nuevamente.
A éstos kombatientes se les suma la presencia de Johnny Cage por empatía y Raiden por protector, tomando forma terrícola nuevamente, arriesgando así su existencia como humano y su excelencia como Dios.
Finalmente y nuevamente, Liu Kang es quien gana el campeonato: Se lleva la victoria por haber derrotado a Shao Kahn y con él se queda la tranquilidad de haber vengado la muerte de su familia. Nuevamente EarthRealm está en paz y, ésta vez, para siempre... ¿Será?
